Cuento

La noche navegable. México: Joaquín Mortiz, 1980.
Albercas. México: Joaquín Mortiz, 1985.
La alcoba dormida. Caracas: Monte Ávila, 1992.
La casa pierde. México: Alfaguara, 1999.
Los culpables. Barcelona: Anagrama: 2006.

Crónica y ensayo

Tiempo transcurrido: crónicas imaginarias. México: Fondo
de Cultura Económica, 1986.
Palmeras de la brisa rápida: Un viaje a Yucatán. México: Alianza, 1989.
Los once de la tribu: crónicas. México: Aguilar / Nuevo Siglo, 1995.
Efectos personales. México: Era, 2000.
La voz en el desierto. México: Ediciones Sin Nombre / Conaculta, 2005.
Dios es redondo. México: Planeta, 2006.
Funerales preventivos: Fábulas y retratos (con caricaturas
de Rogelio Naranjo). México: Joaquín Mortiz, 2006.
De eso se trata. Santiago de Chile: Ediciones Diego Portales, 2007.
8.8: El miedo en el espejo. Oaxaca: Almadía, 2010.

Crónica y cuento

Espejo retrovisor. México: Editorial Planeta Mexicana /
Seix Barral, 2013.

Novela

El disparo de argón. Madrid: Alfaguara, 1991.
Materia dispuesta. México: Alfaguara, 1997.
Llamadas de Ámsterdam. Bogotá: Ediciones Brevedad, 2003.
El testigo. Barcelona: Anagrama, 2004.
Arrecife. Barcelona: Anagrama, 2012.

Teatro

Muerte parcial. México: Ediciones El Milagro / Conaculta, 2008.
Conferencia sobre la lluvia. Oaxaca: Almadía, 2013.

Narrativa infantil

Las golosinas secretas. México: Fondo de Cultura Económica, 1985.
El profesor Zíper y la fabulosa guitarra eléctrica. México: Alfaguara, 1992.
Autopista sanguijuela. México: Alfaguara, 1998.
El té de tornillo del profesor Zíper. México: Alfaguara, 2000.
Cazadores de croquetas. México: Ediciones SM, 2007.
El taxi de los peluches. México:Ediciones SM, 2007.
El libro salvaje. México: Fondo de Cultura Económica, 2008.
La cancha de los deseos. México: Ediciones SM, 2010.

Sobre Juan Villoro

Materias dispuestas: Juan Villoro ante la crítica. Comp., pról.
y ed. de  José Ramón Ruisánchez y Oswaldo Zavala. Barcelona: Editorial Candaya, 2011.